Proponuję skoordynowanie procesów kontroli projektów, by uniknąć sytuacji, że ten sam projekt jest kontrolowany w tym samym zakresie kilka razy przez różne instytucje.
Instytucje Wdrażające programy operacyjne prowadzą kontrole w sposób racjonalny, to znaczy: nie kontrolują dwa razy tego samego zakresu rzeczowego, gdyż w czasie prowadzenia czynności kontrolnych potwierdzają prawidłowość realizacji projektu lub występowania nieprawidłowości. Jednakże Instytucja Audytowa, która dokonuje doboru próby projektów do audytu operacji kieruje się strategią ustaloną wcześniej z Komisją Europejską. Oznacza to, że audyt może objąć również projekty wcześniej kontrolowane. Weryfikacja takich projektów pozwala Instytucji Audytowej na sprawdzenie m. in. czy wcześniejsze czynności kontrolne zostały wykonane prawidłowo. Równocześnie, wychodząc naprzeciw potrzebie zapewnienia koordynacji, Instytucja Zarządzająca, po przygotowaniu i akceptacji Rocznych Planów Kontroli, przekazuje je do wiadomości Instytucji Audytowej, aby miała ona świadomość przyjętych w programie zasad kontroli na dany rok obrachunkowy.
Dodatkowo, kontrola zamówień publicznych realizowanych przez organy administracji publicznej, niezależnie od tego czy są finansowane w ramach projektów, kończy się stworzeniem Informacji Pokontrolnej, co do której istnieje obowiązek publikacyjny. Obowiązek ten został nałożony, aby ułatwić wzajemne korzystanie z wyników kontroli organów administracji (i nie dublować czynności). Jednakże, ze względu na to, że w projektach unijnych to Instytucja Zarządzająca odpowiada za prawidłowość wydatków przedstawianych do rozliczenia we wnioskach do Komisji Europejskiej, musi ona wyniki kontroli innych organów, każdorazowo poddać krytycznej analizie. Komisja Europejska może bowiem sformułować zastrzeżenia do ujawnianych nieprawidłowości i związanych z nimi korekt finansowych.